Neumarkt am Wallersee hat Anteil an dem am Nordostufer des Sees gelegenen Natura 2000-Gebiet Wallersee-Wenger Moor, welches zu den wertvollsten Feuchtgebieten im Flachgau zählt. Langfristig gesehen ist es aber nicht ausreichend, das Schutzgebiet als solches isoliert zu betrachten.
Es ist ebenso notwendig, den geschützten Lebensraum im räumlichen Zusammenhang und somit im Austausch mit anderen funktionierenden Ökosystemen zu sehen. Grundanliegen einer Biotopverbundplanung muss daher immer die Förderung der Vernetzung von Biotopen sein.