In dem zweibändigen Werk werden alle in Deutschland heimischen Arten, die unter die FFH-Richtlinie fallen, mit Steckbriefen detailliert vorgestellt. Sie enthalten den wissenschaftlichen und deutschen Artnamen mit EU-Code, Angaben zur Systematik/Taxonomie, zu den artspezifischen Kennzeichen, zur Verbreitung der Art sowie zur Verantwortlichkeit Deutschlands für die Erhaltung der jeweiligen Art in der EU. Weiterhin werden die wesentlichen Daten zu Biologie und Ökologie, zu Gefährdung und Schutz zusammengestellt sowie weiterführende Hinweise zur Erfassung der Art, zum Forschungsbedarf und zu Art-Experten/innen gegeben. Die mit der EU-Osterweiterung im Mai 2004 für Deutschland neu hinzugekommenen geschützten Arten sind in einer Übersichtstabelle zum Schutz- und Gefährdungsstatus am Ende von Band 2 berücksichtigt. Bundesweite Rasterverbreitungskarten und Abbildungen zu den Arten des Anhangs II der FFH-Richtlinie runden das Buch ab.

Band 1: Pflanzen und Wirbellose