V obdobju 2005-2006 predseduje Alpski konvenciji Avstrija, okoljski minister Josef Pröll pa je predsednik Alpske konference, konference okoljskih ministrov alpskih držav in EU. Pröll ocenjuje pripravo protokola o izvajanju Alpske konvencije na področju voda kot eno ključnih nalog v dvoletnem obdobju avstrijskega predsedovanja.
Državam članicam EU naj bi okvirna vodna direktiva sicer zagotavljala pomemben instrument čezmejnega varstva voda, vendar pa vse pogodbenice Alpske konvencije niso tudi države članice EU. "Na tej točki se nam zdi nujno potrebno ustvariti pravni okvir pod okriljem Alpske konvencije," je pojasnil Pröll, "zato bo Avstrija sprožila pobudo za izdelavo vodnega protokola".
Porečja številnih tekočih voda na območju Alp se raztezajo prek ozemlja več držav, zato se lahko določeni problemi rešujejo le na čezmejni ravni. Protokol o vodi ne bi omogočil le pomembne podlage za varčno in skrbno ravnanje z vodo, temveč bi zapolnil tudi pomembno vrzel pri varstvu Alp. Le s tako zasnovanim protokolom bi lahko opredelili, recimo, enoten standard za varstvo ledenikov.
Okvirna vodna direktiva EU je bila oblikovana za celotno EU in ne upošteva posebnosti Alp. Zaradi celovitosti ureditve okoljskih ciljev vsebuje okvirna direktiva EU zapletene in dolge določbe. Poleg tega so bile kot kompromis po dolgoletnih razpravah oblikovane določbe, ki dovoljujejo številne izjeme, ki pa so deloma v nasprotju z varstvom voda. Besedilo vodnega protokola Alpske konvencije bi zato moralo biti kratko, razumljivo in zavezujoče.
Ker se pogodbenice Alpske konvencije doslej na zahteve CIPRE za izdelavo vodnega protokola niso odzvale, je CIPRA že v mednarodnem letu celinskih voda 2003 predlog protokola pripravila sama.