2005/2006 hat Österreich den Vorsitz bei der Alpenkonvention inne. Umweltminister Josef Pröll ist damit Vorsitzender der Alpenkonferenz, der Konferenz der UmweltministerInnen der Alpenstaaten und der EU. Pröll sieht die Erarbeitung eines Wasserprotokolls für die Alpenkonvention als einen seiner Schwerpunkte für die Zweijahresperiode.
Die Mitgliedsstaaten der EU hätten mit der Wasserrahmenrichtlinie zwar ein wichtiges Instrument für den grenzüberschreitenden Gewässerschutz in der Hand, doch seien nicht alle Vertragsstaaten der Alpenkonvention auch Mitglied der EU. "Hier sehen wir die Notwendigkeit einen rechtlichen Rahmen auch unter dem Dach der Alpenkonvention zu schaffen", erörterte Pröll, deshalb werde Österreich "die Initiative zur Erarbeitung eines Wasserprotokolls einleiten".
Die Einzugsgebiete vieler Fliessgewässer des Alpenraums erstrecken sich über mehrere Staaten, weshalb bestimmte Probleme nur grenzübergreifend gelöst werden können. Ein Wasserprotokoll bietet nicht nur wichtige Grundlagen für den ökonomischen Umgang mit Wasser, sondern schliesst auch eine wichtige Lücke im Alpenschutz. Nur mit einem solchen Protokoll kann beispielsweise ein einheitlicher Standard für den Schutz der Gletscher festgelegt werden.
Die EU-Wasserrahmenrichtlinie ist für die ganze EU geschaffen worden und geht nicht auf die Besonderheiten der Alpen ein. Die komplexe Regelung der Umweltziele in der EU-Rahmenrichtlinie führt zu komplizierten und langen Bestimmungen. Hinzu kommen als Kompromiss nach jahrelangen Debatten viele Ausnahmebestimmungen, die dem Gewässerschutz zum Teil entgegenstehen. Ein Wasserprotokoll der Alpenkonvention soll demgegenüber kurz, verständlich und verpflichtend sein.
Da die Vertragspartner der Alpenkonvention bisher nicht auf die Forderungen der CIPRA zur Erarbeitung eines Wasserprotokolls reagiert haben, hat die CIPRA bereits im Internationalen Jahr des Wassers 2003 selber einen Protokollvorschlag ausgearbeitet.